Согласно Одлуката за организацијата, делокругот и начинот на извршување на задачите на општинската администрација (пречистен текст) објавена во „Службен гласник на Општина Штип“ број 12/15, администрацијата во Општина Штип се организира во следните сектори, одделенија и ТППЕ:

1. Сектор за правно нормативни работи, јавни набавки, информирање и услуги, информатички и општи работи

• Одделение за правно нормативни работи и поддршка на советот
• Одделение за јавни набавки
• Одделение за услуги и информирање на граѓаните
• Одделение за информатички работи
• Одделение за општи работи

2. Сектор за финансиски прашања

• Одделение за буџетска координација
• Одделение за буџетска контрола
• Одделение за сметководство и плаќање

• Одделение за администрирање на приходи

3. Сектор за урбанизам и уредување на градежно земјиште, комунални работи и заштита на животната средина

• Одделение за урбанизам, градежништво, станбени работи и заштита на животната средина
• Одделение за уредување на градежно земјиште, регулација и геодетски работи
• Одделение за комунални дејности

4. Сектор за јавни служби, образование и локален економски развој

• Одделение за јавни служби
• Одделение за образование
• Одделение за локален економски развој

5. Сектор за инспекциски работи

• Одделение за урбанистички, градежен надзор и надзор над сообраќај и патишта
• Одделение за друг вид на надзор од надлежност на општината

6. Одделение за поддршка на градоначалникот
7. Одделение за внатрешна ревизија
8. Одделение за управување со човечки ресурси
9. Територијална противпожарна единица